A mélyszöveti masszázs az elektrostimulátor egy speciális programja, amely olyan frekvenciájú és intenzitású elektromos impulzusokat használ, amelyek mélyebben behatolnak az izomszövetbe. A felületi stimulációtól eltérően, a mélyen fekvő izmok és feszültségük oldására irányul. Ez a stimulációs típus segít oldani a merev pontokat, az úgynevezett „trigger pontokat” vagy fájdalmas izomcsomókat, amelyek kis, fájdalmas csomók az izmokban. A program alkalmas fizikai terhelés utáni regenerációra vagy a krónikus izommerevség enyhítésére, jellemzően a hát, váll vagy combok területén. Érzésre intenzívebb lehet, mint a hagyományos masszázsprogramok, és az izmon belüli kopogtatáshoz vagy pulzáláshoz hasonlítható.